C 'est en 1770 que fut créé le Cabinet d'Histoire Naturelle au sein de l'université historique de Perpignan . Devenu muséum, il siège depuis 1900 dans l'hôtel Zagarriga (XVIIIème siècle). Plusieurs érudits et donateurs ont contribué à l'étude et au développement de ses collections : Luis Companyo, premier conservateur de statut municipal de 1840 à 1871, François Arago, Charles Deperet, Albert Donnezan, Joseph Passama, Eugène Boluix...

A l'attention du public, le muséum possède 350 m2 d'expositions permanentes.