Présentée dans les salles de la Villa des Arènes, demeure gênoise du XVIIe siècle qui abrite le musée Matisse depuis 1963, la collection permanente du musée compte aujourd'hui 68 peintures et gouaches découpées, 236 dessins, 218 gravures, 57 sculptures, soit la quasi-totalité de l'oeuvre sculpté, 14 livres illustrés et aussi 95 photographies, 187 objets ayant appartenu au peintre, que complètent sérigraphies, tapisseries, céramiques, vitraux et documents.

L'intérêt de cette collection réside dans la présentation de l'évolution artistique de Matisse, ses avancées et ses recherches dans le domaine de la couleur et du graphisme, des premiers tableaux de 1890 aux gouaches découpées de la fin de sa vie.